Історія
Харків – славне місто з багатими українськими традиціями та міцним національним корінням. Можливо саме тому так завзято в роки комуністичної ідеології тут відбувалася боротьба проти всього українського, а під виглядом інтернаціоналізму руйнувалася українська культура.
Традиції автокефалії Украйнської Православної Церкви в Харківській єпархії сягають початку двадцятого століття. Ще на початку 1990-х р. у Харкові виникли перші громади автокефальної Української Церкви. Починаючи з 1991 року Преосвященнійший єпископ Роман (Попенко), докладаючи натхненної праці, за дієвої допомоги Високопреосвященнійшого митрополита Антонія (Масендича), за вельми короткий проміжок часу спромігся забезпечити єпархію богослужбовими приміщеннями, обладнанням та священнослужителями. На цей час Харківська єпархія була об’єднана в одну єпархію з парафіями на Полтавщині.
21.09.91 року архієпископ Переяславський і Січеславський Антоній (Масендич), керуючий Харківською єпархією, освятив Свято-Іоанно-Богословський храм (м. Харків, вул. Котлова 105-а).
В новітній історії Української Церкви з Харковом пов’язана одна з найбільш чорних сторінок – саме тут під проводом Харківського митрополита Никодима таємно було проведено зібрання архієреїв УПЦ, яке у 1992 р. розкололо Українську Церкву. На чолі з таким ієрархом на довгі роки Харків став одним з форпостів боротьби проти Київського Патріархату. За роки незалежності харківською владою не було передано нашій Церкві жодного храму. На нечисленні українські церковні громади постійно чинився шалений тиск. Але український дух на Слобожанщині залишився незнищенним.
Після Об’єднавчого собору 1992 р. і утворення нинішньої структури Київського Патріархату один з активістів автокефального руху, керівник місцевого осередку братства ап. Андрія Первозванного пан Ісіченко встав на сторону противників об’єднання. Пізніше він став ієрархом «оновленої» УАПЦ.
15.05 93 р. була освячена церква на честь свв. мчч. Бориса та Гліба у приміщенні Харківського єпархіального управління (вул.. Володарського 4).
З 1995 року керуючим Харківською єпархією був призначений архієп. Дніпропетровсько-Криворізький Адріан (Старина).
У зв’язку з рішенням Священного Синоду УПЦ КП від 20.02.1997 року, Харківсько-Полтавська єпархія була розділена на дві окремі єпархії.
З 1999 року керуючим Харківською єпархією був призначений єп. Володимир (Поліщук).
Згідно рішення Священного Синоду УПЦ КП від 21 жовтня 2000 року, керуючим Харківською єпархією був призначений єпископ Флавіан (Пасічник).
В 2003 році тимчасово керуючим Харьківською єпархією, був призначений архієп. Полтавський та Кременчуцький Євсевій (Політило).
З серпня 2005 р. керуючим Харківською єпархією призначений єпископ Харківський і Богодухівський Лаврентій (Мигович).
У липні 2006 року відбувся перший архіпастирський візит Святійшого Патріарха Київського та всієї Руси-України Філарета на Харківщину. Цей візит викликав шалений спротив з боку місцевої владиї та УПЦ МП. Але все це не завадило Святійшому Патріарху відвідати храми, єпархіальне управління, а у церкві Іоана Богослова звершити молебень.
9 жовтня 2008 р. у храмі святого апостола Іоана Богослова Святійший Владика Філарет, вперше з часу возведення на Патріарший Престол, звершив у Харкові Божественну літургію, та освятив новозбудований хрест на купол храму.
Згідно рішення Священного Синоду Української Православної Церкви Київського Патріархату (журнал № 31 засідання Священного Синоду від 27 липня 2013 р.) керуючим Харківською єпархією призначений єпископ Митрофан (Бутинський).